Η Έπαυλη Αποστολίδη αποτελεί μια ρομαντική εκλεκτικιστική σύνθεση, με μεγάλη συνθετική ελευθερία ως προς τη μορφολογία της. Σε όλα τα στοιχεία του κτιρίου γίνεται εμφανής η προσπάθεια τονισμού της ελευθερίας της μορφής. Στο κτίριο υπερισχύει ο μεσαιωνικός χαρακτήρας, με στοιχεία από αρχιτεκτονική πύργου.

Η είσοδος στην κατοικία γίνεται από τη νότια όψη του κτιρίου, όπου ο επισκέπτης ανεβαίνει μια μαρμάρινη σκάλα για να βρεθεί στην στεγασμένη βεράντα του υπερυψωμένου ισογείου. Στην συνέχεια, εισερχόμενος στο εσωτερικό του σπιτιού συναντά το χωλ, το οποίο αποτελεί το κέντρο του σπιτιού. Προχωρώντας προς το εσωτερικό του σπιτιού, διαμορφώνεται ένας διάδρομος ο οποίος χωρίζει την κάτοψη σε δύο τμήματα και διοχετεύει την κίνηση στους χώρους του ισογείου. Έτσι, ανατολικά του διαδρόμου βρίσκονται οι χώροι υποδοχής, η σάλα και η τραπεζαρία του αρχοντικού, ενώ στο δυτικό τμήμα τοποθετούνται η κουζίνα και ένας ακόμη βοηθητικός χώρος. Στο τέλος του διαδρόμου υπάρχει η σκάλα υπηρεσίας, η οποία εξυπηρετούσε την κατακόρυφη επικοινωνία στο κτίριο και χρησιμοποιούταν αποκλειστικά από την υπηρεσία του σπιτιού. 

Από το κεντρικό χωλ έχει κανείς πρόσβαση στο κύριο κλιμακοστάσιο του αρχοντικού. Το κλιμακοστάσιο είναι τοποθετημένο στον πύργο του κτίσματος, ο οποίος διαμορφώνεται εξωτερικά ως αυτόνομο κτίσμα αλλά στην πραγματικότητα ενσωματώνεται χωρικά στην κυρίως πτέρυγα. Από το κλιμακοστάσιο οδηγείται ο επισκέπτης στον όροφο, ο οποίος ακολουθεί τη διάταξη του ισογείου. Στον όροφο ο μακρόστενος χώρος υποδοχής του ισογείου χωρίζεται εγκάρσια σε υπνοδωμάτια. Η κατακόρυφη αυτή αντιστοιχία των χώρων αποτελεί χαρακτηριστικό γνώρισμα όλων των εκλεκτικιστικών αρχοντικών της περιόδου. Το χωλ του ορόφου έχει πρόσβαση σε έναν εξώστη, ο οποίος στεγάζει τον αντίστοιχο εξώστη του ισογείου. Ακόμη δύο υπνοδωμάτια έχουν πρόσβαση σε υποτυπώδεις εξώστες πολύ μικρών διαστάσεων. 

Το αρχοντικό διαθέτει επίσης ημιυπόγειο, στο οποίο φιλοξενούνταν βοηθητικοί και αποθηκευτικοί χώροι, καθώς και τα δωμάτια της υπηρεσίας.